Identificación de regiones exónicas en secuencias de adn un enfoque utilizando correlación cruzada y supresión de ruido mediante transformación discreta de coseno
DOI:
https://doi.org/10.33448/rsd-v9i9.8173Palabras clave:
ADN; región exónica; procesamiento de señalesResumen
Para identificar las regiones exónicas en la secuencia de ADN del cromosoma 23, se utilizan técnicas de filtrado. DCT es una técnica con la capacidad de eliminar ruido de señales como se muestra en [Saraiva et al., 2018], además, la supresión de ruido con DCT no es suficiente en sí misma, por lo que en este trabajo un nuevo método para identificar regiones exónicas usando correlación cruzada junto con DCT junto con un filtro de paso de banda basado en FFT para disminuir el ruido de la señal y encontrar regiones exónicas.
Citas
Akhtar, M., Epps, J., & Ambikairajah, E. (2008). Signal processingin sequence analysis: advances in eukaryotic gene prediction.IEEE journal of selectedtopics in signal processing, 2(3),310–321.
A.Swarnkar, Kumar, R., Kumar, A., & Khanna, P. (2017). Per-formance of different threshold function for ecg compression using slantlet transform. insignal processing and integrated networks (spin). 37, 375–379.
Avery, O. T., MacLeod, C. M., & McCarty, M. (1944). Studies on thechemical nature of the substance inducing transformation of pneumococcal types: induc-tion of transformation by a desoxyribonucleic acid fraction isolated from pneumococcustype iii.Journal of experimental medicine, 79(2), 137–158.
Bernaola-Galv ́an, P., Grosse, I., Carpena, P., Oliver, J. L.,Rom ́an-Rold ́an, R., & Stanley, H. E. (2000). Finding borders between coding andnoncoding dna regions by an entropic segmentation method.Physical Review Letters, 85(6):1342.
Datta, S. & Asif, A. (2005). A fast dft based gene predictionalgorithm for identification of protein coding regions. InProceedings. (ICASSP’05). IEEEInternational Conference on Acoustics, Speech, and Signal Processing, 2005., 5,653. IEEE.
Fickett, J. W. (1982). Recognition of protein coding regions in dna sequences.Nucleic acids research, 10(17), 5303–5318.
Hershey, A. D., & Chase, M. (1952). Independent functionsof viral protein and nucleic acid in growth of bacteriophage. The Journal of generalphysiology, 36(1),39–56.
Morgan, T. H. (1911). Chromosomes and associative inheritance.Science, 34 (880), 636–638.
Nguyen, B., Nguyen, D., Ma, W., and Tran, D. (2017). Investigatingthe possibility of applying eeg lossy compression to eeg-based user authentication. InNeural Networks (IJCNN), 2017 International Joint Conference on, pages 79–85. IEEE.
Raj, S. and Ray, K. C. (2017). Ecg signal analysis using dct-based dostand pso optimized svm. 66, 470–478.
Saraiva, A. A., Castro, F. M. J., Sousa, J. V. M., Valente, A., & Fonseca, F. (2018). Comparative study between the walsh hadamard transform anddiscrete cosine transform. In7th International Conference on Advanced Technologies.
Shetty, N. K. (2018). Inheritance of chromosomes, sex determination, and the human genome: A new paradigm.Gender and the Genome, 2(1):16–26.
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