Evaluation of genetic diversity of Cryptococcus neoformans samples isolated in different geographical regions

Authors

DOI:

https://doi.org/10.33448/rsd-v10i9.18333

Keywords:

Cryptococcus neoformans; Phylogeny; Recombination genetic.

Abstract

Cryptococcus neoformans is the etiological agent of cryptococcosis, an opportunistic fungal infection and frequently occurs in immunocompromised patients, with an underlying disease, mainly affecting the central nervous system and lungs. Analysis of genomic sequences of microorganisms through phylogenies has demonstrated a wide spectrum of applications in scientific research and medicine. In the health area, the use of this tool contributes to the diagnosis and consequently to the development of programs to improve the treatment and control of diseases. Furthermore, the phylogenetic analysis is important to characterize new species that can development possible genetic recombinations, which in most cases is responsible for the resistance of pathogens to the treatment. Thus, this study aimed to analyze the genetic variability of 18S and 28S genes of C. neoformans in different geographic regions. Were selected 191 sequences of the 18S gene and 132 sequences of the 28S gene to carry out phylogenetic and split analyses. The results demonstrated that the 28S gene has more genetic variability when compared to the 18S gene, which has been shown to be more conserved. This variability can be a result from genetic recombination and migration of different strains from one geographic region to another through the tourism of individuals with the fungal. Additionally, in the future, this genetic recombination can result in a new species capable of causing diseases in humans.

Author Biographies

Dakson Douglas Araújo, Universidade Federal do Delta do Parnaíba

Biomédico habilitado em Análises Clínicas pela Universidade Federal do Piauí (2018), Especialista em Docência do Ensino Superior pela Faculdade Evangélica do Meio Norte, Pós-Graduando em Imunologia e Microbiologia pela Faculdade Única. Atualmente é Mestrando do Programa de Pós-graduação em Biotecnologia pela Universidade Federal do Delta do Parnaíba. Apresenta interesse nas áreas de farmacologia, biologia celular e molecular. Integrante do Laboratório de Cultura de Células Delta (LCCDelta) onde realiza pesquisa atualmente.

Raí Emanuel da Silva, Universidade Federal do Piauí

Biomédico pela Universidade Federal do Piauí - UFPI, Especialista em Docência do Ensino Superior, Pós-graduando em Microbiologia Clínica e Mestre em Farmacologia pelo Núcleo de Pesquisas em Plantas Medicinais (Centro de Ciências da Saúde - CCS/UFPI). Possui experiências no desenvolvimento de pesquisas com moléculas de origem natural, com foco na investigação do seu potencial antimicrobiano. Domínio nas áreas de Farmacologia e Microbiologia, com ênfase em Bacteriologia. Como Docente, já atuou no ensino Profissionalizante, Técnico, Superior e Pós-graduação (Especialização Lato Sensu). Vasto conhecimento na elaboração e desenvolvimento de estudos acadêmicos. Experiência na área de Educação e Promoção da Saúde, explicitamente na Conscientização do Controle e Prevenção de Infecções Relacionadas à Assistência à Saúde e Promoção do Conhecimento em Microbiologia para a Educação Escolar.

Higinalice da Silva Pereira, Universidade Federal do Delta do Parnaíba

Biomédica formada pela Universidade Federal do Piauí - campus Parnaíba, onde foi bolsista de iniciação científica. Foi voluntária no Programa de orientação para o controle de helmintíases em crianças do município de Parnaíba, PI. Especialização em docência do ensino superior. Mestranda em Biotecnologia (UFPI) pelo núcleo de pós graduação de pesquisa em biodiversidade e biotecnologia-Biotec. Tem experiência em analises clínicas.

Dacylla Sampaio Costa, Universidade Federal do Piauí

Possui graduação em Biomedicina pela Universidade Federal do Piauí, campus Ministro Reis Velloso (2018). Bolsista de Iniciação científica PIBIC- UFPI (2018). Técnica em Enfermagem pelo Centro Estadual de Educação Profissional Leonardo das Dores- CEEP (2011). Mestra em Ciências Biomédicas (Área de concentração: Medicina investigativa e marcadores epidemiológicos) pelo PPGCBM da Universidade Federal do Piauí atuando com o projeto intitulado: "Investigação de arboviroses circulantes por métodos moleculares e quantitativos no Estado do Piauí" . Especialista em Docência do Ensino Superior pela Faculdade Evangélica Do Meio Norte- ‎FAEME (2019) e em Imunologia e Microbiologia pelo Instituto PROMINAS (2020). Integrante do Laboratório Biologia de Microrganismos (BIOMIC) atuando na investigação epidemiológica e molecular de arboviroses emergentes no Estado do Piauí. Atualmente atua como Biomédica na área de Análises Clínicas no Laboratório Cearense. Tem experiência nas áreas de Análises Clínicas, Pesquisa Clínica, Hematologia, Biologia Molecular e Microbiologia com ênfase em Virologia.

Rodrigo Elísio de Sá, Universidade Federal do Delta do Parnaíba

Graduado em Biomedicina pela Universidade Federal do Piauí (UFPI). Pós-Graduando em Farmacologia clínica pelo Instituto Cultus/FAVENI. Mestrando em Biotecnologia (área de concentração : Farmacologia molecular) pela Universidade Federal do Piauí (UFPI) . Apresenta interesse nas áreas de farmacologia, biologia celular e molecular. Durante a graduação foi aluno de iniciação científica, por dois anos, onde desenvolveu pesquisas com Produtos naturais, nanopartículas, aplicações biológicas e biotecnológicas. É membro do Laboratório de Cultura de Células do Delta (LCCDelta) onde desenvolve as pesquisas do mestrado.

Antonio Rodrigues da Silva Neto, Universidade Estadual do Piauí

Graduado em Licenciatura em Química (2019) na Universidade Estadual do Piauí (UESPI), Pós-Graduando em Docência e Gestão do ensino superior - Faculdade Maurício de Nassau e Mestrando em Química na Universidade Estadual do Piauí (UESPI), desenvolvo trabalho na área de prospecção fitoquímica, estudos farmacológicos de plantas medicinais e integrante do grupo de produtos naturais e estudos de atividades farmacológicas. Além de atuar na área de metodologia científica e Metodologia para o ensino a pesquisa.

Nathanael dos Santos Alves, Universidade Federal do Delta do Parnaíba

Graduado em Biomedicina pela Universidade Federal do Piaui, ex membro da liga acadêmica de Microbiologia da Universidade Federal do Piauí (LAMIC), participante do projeto de pesquisa intitulado Caracterização bioquímica e epidemiologia molecular de isolados de Cryptococcus neoformans e Cryptococcus gattii no estado do Piauí, Brasil. Aluno bolsita (2018/2019) do projeto intitulado Avaliação do perfil de resistência antimicrobiana de enterobactérias produtoras de beta-lactamase de espectro estendido (ESBL) isoladas em uroculturas de pacientes na cidade de Parnaíba, Piauí.

Fernanda Machado Fonseca, Universidade Federal do Triângulo Mineiro

Possui graduação em Biomedicina, Mestrado em Patologia Clínica, Doutorado em Ciências da Saúde - Microbiologia e Pós-Doutorado pela Universidade Federal do Triângulo Mineiro (UFTM). Atuou como Professora Adjunta do Curso de Biomedicina da Universidade Federal do Piauí. Foi Membro Titular do Núcleo Docente Estruturante (NDE) e Membro Efetivo do Colegiado do Curso de Biomedicina - UFPI. Atuou como professora substituta do curso de Análises Clínicas da Escola Técnica de Saúde da Universidade Federal de Uberlândia - UFU. Atualmente é Professora Adjunta da disciplina de Micologia/Microbiologia Clínica do Estágio Supervisionado em Análises Clínicas do Curso de Biomedicina da UFTM e Vice-coordenadora do Curso de Biomedicina/UFTM. Coordenadora (substituta) do Departamento de Biomedicina.Tutora da Residência Multiprofissional (Área de concentração: Saúde do Adulto/Biomedicina) da UFTM. Tem experiência em Microbiologia, Micologia e Análises Clínicas.

References

Aguiar, P. A. D. F. D., Pedroso, R. D. S., Borges, A. S., Moreira, T. D. A., Araújo, L. B. D., & Röder, D. V. D. D. B. (2017). The epidemiology of cryptococcosis and the characterization of Cryptococcus neoformans isolated in a Brazilian University Hospital. Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo, 59.

Ajawatanawong, P. (2016). Molecular phylogenetics: Concepts for a newcomer. Network Biology, 185-196.

Araújo, E. C., Táparo, C. V., Uchida, C. Y., & Marinho, M. (2015). Cryptococcus: isolamento ambiental e caracterização bioquímica. Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia, 67, 1003-1008.

Arechavala, A., Negroni, R., Messina, F., Romero, M., Marín, E., Depardo, R., ... & Santiso, G. (2018). Criptococose em Hospital de Doenças Infecciosas de Buenos Aires, Argentina. Revisão de 2.041 casos: Diagnóstico, aspectos clínicos e terapêutica. Revista iberoamericana de micologia , 35 (1), 1-10.

Ashton, P. M., Thanh, L. T., Trieu, P. H., Van Anh, D., Trinh, N. M., Beardsley, J., ... & Day, J. N. (2019). Three phylogenetic groups have driven the recent population expansion of Cryptococcus neoformans. Nature communications, 10(1), 1-10.

Caldart, E. T., Mata, H., Canal, C. W., & Ravazzolo, A. P. (2016). Análise filogenética: conceitos básicos e suas utilizações como ferramenta para virologia e epidemiologia molecular. Acta Scientiae Veterinariae, 44, 1-20.

Costa, A. K., Sidrim, J. J., Cordeiro, R. A., Brilhante, R. S., Monteiro, A. J., & Rocha, M. F. (2010). Urban pigeons (Columba livia) as a potential source of pathogenic yeasts: a focus on antifungal susceptibility of Cryptococcus strains in Northeast Brazil. Mycopathologia, 169(3), 207-213.

Desnos-Ollivier, M., Patel, S., Spaulding, AR, Charlier, C., Garcia-Hermoso, D., Nielsen, K., & Dromer, F. (2010). Infecções mistas e evolução in vivo no fungo patógeno humano Cryptococcus neoformans. MBio, 1 (1), e00091-10.

Faganello, J. (2008). Estudo da variabilidade e diferenças morfológicas entre as espécies Cryptococcus neoformans e Cryptococcus gatii por análise de diferença representacional e microscopia eletrônica de varredura (Tese de Doutorado). Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brasil.

Felsenstein, J. (1985). Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. evolution, 39(4), 783-791.

Ferreira-Paim, K., Ferreira, T. B., Andrade-Silva, L., Mora, D. J., Springer, D. J., Heitman, J., ... & Silva-Vergara, M. L. (2014). Phylogenetic analysis of phenotypically characterized Cryptococcus laurentii isolates reveals high frequency of cryptic species. PLoS One, 9(9), e108633.

Ferreira-Paim, K., Andrade-Silva, L., Fonseca, F. M., Ferreira, T. B., Mora, D. J., Andrade-Silva, J., ... & Silva-Vergara, M. L. (2017). MLST-based population genetic analysis in a global context reveals clonality amongst Cryptococcus neoformans var. grubii VNI isolates from HIV patients in Southeastern Brazil. PLoS neglected tropical diseases, 11(1), e0005223.

Galiza, G. J., Silva, T. M., Caprioli, R. A., Tochetto, C., Rosa, F. B., Fighera, R. A., & Kommers, G. D. (2014). Determinação das características histomorfológicas e histoquímicas no diagnóstico da criptococose em animais de companhia. Pesquisa Veterinária Brasileira , 34 (3), 261-269.

Hagen, F., Khayhan, K., Theelen, B., Kolecka, A., Polacheck, I., Sionov, E., ... & Boekhout, T. (2015). Recognition of seven species in the Cryptococcus gattii/Cryptococcus neoformans species complex. Fungal Genetics and Biology, 78, 16-48.

Meyer, W., Aanensen, D. M., Boekhout, T., Cogliati, M., Diaz, M. R., Esposto, M. C., ... & Kwon-Chung, J. (2009). Consensus multi-locus sequence typing scheme for Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii. Medical mycology, 47(6), 561-570.

Moreira, T. D. A., Ferreira, M. S., Ribas, R. M., & Borges, A. S. (2006). Criptococose: estudo clínico-epidemiológico, laboratorial e das variedades do fungo em 96 pacientes. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, 39, 255-258.

Nascimento, M. A., Santos, E. C. M., de Carvalho, V. M., Borges, M. S., Ederli, J. P. B., de Albuquerque, C. A. N., ... & Moris, D. V. (2020). Perfil de pacientes com criptococose em hospital regional do interior de São Paulo. Research, Society and Development, 9(9), e598997642-e598997642.

O'Meara, T. R., Xu, W., Selvig, K. M., O'Meara, M. J., Mitchell, A. P., & Alspaugh, J. A. (2014). The Cryptococcus neoformans Rim101 transcription factor directly regulates genes required for adaptation to the host. Molecular and Cellular Biology, 34(4), 673-684.

Pinheiro, M. C., Dos Reis, D. S. T., de Brito, M. T. F. M., & Quaresma, J. A. S. (2019). Criptococose na Amazônia: uma visão geral atual e perspectivas futuras. Acta tropica , 197 , 105023.

Pizani, A. T., & dos Santos, M. O. (2017). Criptococose em pacientes HIV positivos: revisão sistemática da literatura. Revista Saúde UniToledo, 1(1).

Reolon, A., Perez, L. R. R., & Mezzari, A. (2004). Prevalência de Cryptococcus neoformans nos pombos urbanos da cidade de Porto Alegre, Rio Grande do Sul. Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial, 40, 293-298.

Rocha, J. É. L., Sousa, R. D. S., & Fonseca, F. M. (2016). DIVERSIDADE GENÉTICA DE ISOLADOS DE Sporothrix schenckii EM PAÍSES DO CONTINENTE AMERICANO. REVISTA UNINGÁ REVIEW, 27(3).

Saitou, N., & Nei, M. (1987). The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular biology and evolution, 4(4), 406-425.

Santos, G. D. R., Dias, I. C. D. R., Ventura, C. A., & Fonseca, F. M. (2016). VARIABILIDADE GENÉTICA DE ISOLADOS BRASILEIROS DE Histoplasma capsulatum. REVISTA UNINGÁ REVIEW, 28(2).

Severo, C. B., Gazzoni, A. F., & Severo, L. C. (2009). Capítulo 3: criptococose pulmonar. Jornal Brasileiro de Pneumologia, 35(11), 1136-1144.

Silva, S. P., Costa, C. B. L., Silva, J. D. F., Alves, R. R. V., Silva, G. A. S., Freitas, A. F. S, ... & Napoleão, T. H. (2021). Mecanismos de resistência de Cryptococcus spp. e compostos de plantas como ferramentas para combatê-los. Research, Society and Development , 10 (2), e57810212819-e57810212819.

Sloan, D. J., & Parris, V. (2014). Cryptococcal meningitis: epidemiology and therapeutic options. Clinical epidemiology, 6, 169.

Srikanta, D., Santiago‐Tirado, F. H., & Doering, T. L. (2014). Cryptococcus neoformans: historical curiosity to modern pathogen. Yeast, 31(2), 47-60.

Souza, J. A. M. D. O. (2018). Variabilidade genética de Cryptococcus ambientais na cidade do Salvador–BA (Dissertação de Mestrado). Universidade Federal da Bahia, Salvador, Bahia, Brasil.

Tamura, K., Peterson, D., Peterson, N., Stecher, G., Nei, M., & Kumar, S. (2011). MEGA5: molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Molecular biology and evolution, 28(10), 2731-2739.

Trilles, L., Lazéra, M. D. S., Wanke, B., Oliveira, R. V., Barbosa, G. G., Nishikawa, M. M., ... & Meyer, W. (2008). Regional pattern of the molecular types of Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii in Brazil. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz, 103, 455-462.

Published

01/08/2021

How to Cite

ARAÚJO, D. D.; SILVA, R. E. da; PEREIRA, H. da S. .; COSTA, D. S. .; SÁ, R. E. de .; SILVA NETO, A. R. da .; ALVES, N. dos S. .; FONSECA, F. M. Evaluation of genetic diversity of Cryptococcus neoformans samples isolated in different geographical regions. Research, Society and Development, [S. l.], v. 10, n. 9, p. e51410918333, 2021. DOI: 10.33448/rsd-v10i9.18333. Disponível em: https://rsdjournal.org/index.php/rsd/article/view/18333. Acesso em: 20 apr. 2024.

Issue

Section

Health Sciences