Estudo in silico de fitoquímicos na região Receptor-Binding Domain (RBD) da proteína spike do SARS-CoV-2 (variante Ômicron, B.1.1.529)
DOI:
https://doi.org/10.33448/rsd-v11i10.33126Palavras-chave:
Covid-19; Docking molecular; Moléculas naturais.Resumo
COVID-19 é uma doença altamente contagiosa causada pelo coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2) tornando-se uma grande ameaça em todo o mundo devido à sua rápida natureza de disseminação e variantes mais agressivas, como o caso da Ômicron. A principal estrutura de interação do vírus com a célula hospedeira é a região de pico da proteína Spike chamada de RBD, uma estrutura que teve diversas mutações, dificultando a busca de fármacos. Com base nesse cenário, o presente trabalho teve como objetivo avaliar o perfil de interações entre moléculas de origem naturais frente a região RBD da proteína Spike (S) do SARS-CoV-2, variante Ômicron. Na primeira etapa metodológica ocorreu uma modelagem molecular da estrutura RBD de sequência obtida no Brasil e testes para sua caracterização e validação estrutural. Em seguida, foi realizado o docking molecular entre 6 ligantes fitoquímicos: Curcumina, Carvacrol (±)-Limoneno, Glicirrizina, Alicina e Quercetina-3-Arabinoside na região específica RBD modelada, após obter os melhores resultados, os complexos formados foram avaliados por RMSD e RMSF. Na homologia da região RBD obteve-se uma estrutura com baixos erros estruturais. Nas interações de cada fitoquímico, as moléculas glicirrizina e quercetina apresentaram maior afinidade molecular, ligando-se ao sítio ativo encontrado na RBD. A dinâmica molecular confirmou a interação dos ligantes e a estabilidade dos complexos durante as simulações. A quercetina e glicirrizina apresentaram um potencial molécula ligando-se à região RBD da proteína S, a partir do genoma da variante ômicron inédita do SARS-CoV-2 sequenciada no Brasil.
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