Desenho vacinal por imunoinformática contra HCV: Caracterização química e predição de epítopos de células T
DOI:
https://doi.org/10.33448/rsd-v10i16.22994Palavras-chave:
Hepatite C; Bioinformática; Vacina.Resumo
A hepatite C é uma enfermidade que atinge o fígado causando sua inflamação, alcançando milhares de pessoas todos os anos, contudo atualmente ainda não existem vacinas para o vírus responsável pela doença, o HCV, embora estudos já sejam realizados sobre a viabilidade. Assim sendo, a vacinologia reversa pode ser de grande auxílio para detecção de alvos promissores para utilização como antígeno vacinal e concomitantemente formulação de uma vacina eficaz. O respectivo trabalho tem como objetivo obter dados relevantes para o desenho de vacinas promissoras contra o HCV através da utilização de ferramentas de bioinformática. Para tanto, após as sequências do vírus serem obtidas no Centro Nacional de Informação Biotecnológica (NCBI), foram realizadas as análises do potencial antigênico através do VaxiJen v.2.0. e do ANTIGENpro, juntamente foi verificado o potencial alergênico com o AlgPred, logo após as proteínas serem selecionadas, seguiriam para as próximas etapas onde foram submetidas para a caracterização das propriedades físico-químicas, através do ProtParam e a predição de epítopos de células T foi realizada no NetTepi. Dentre os resultados obtidos pode-se notar que, a proteína E2 foi a única a se demonstrar alergênica, já à proteína E1 não apresentou potencial antigénico e as demais proteínas foram classificadas como instáveis, seguindo somente a proteína NS4a para predição de epítopos de células T.
Referências
Adhikari, U. K., Tayebi, M., & Rahman, M. M. (2018). Immunoinformatics approach for epitope-based peptide vaccine design and active site prediction against polyprotein of emerging oropouche virus. Journal of immunology research, 2018.
Axley, P., Ahmed, Z., Ravi, S., & Singal, A. K. (2018). Hepatitis C virus and hepatocellular carcinoma: a narrative review. Journal of clinical translational hepatology, 6(1), 79. https://doi.org/10.14218/JCTH.2017.00067
Bulut, M. E., Topalca, U. S., Murat, A., Teke, L., Canalp, H. Z., Ocal, M., & Bayraktar, B. (2021). HCV Genotype Distribution of Patients with Chronic Hepatitis C in Istanbul. The Medical Bulletin of Sisli Etfal Hospital, 55(1), 86.
Calis, J. J., Maybeno, M., Greenbaum, J. A., Weiskopf, D., De Silva, A. D., Sette, A., . . . Peters, B. (2013). Properties of MHC class I presented peptides that enhance immunogenicity. PLoS computational biology, 9(10), e1003266.
Castelli, M., Cappelletti, F., Diotti, R. A., Sautto, G., Criscuolo, E., Dal Peraro, M., & Clementi, N. (2013). Peptide-based vaccinology: experimental and computational approaches to target hypervariable viruses through the fine characterization of protective epitopes recognized by monoclonal antibodies and the identification of T-cell-activating peptides. Clinical Developmental Immunology, 2013.
Castro, A., Ozturk, K., Pyke, R. M., Xian, S., Zanetti, M., & Carter, H. (2019). Elevated neoantigen levels in tumors with somatic mutations in the HLA-A, HLA-B, HLA-C and B2M genes. BMC medical genomics, 12(6), 1-13.
Deng, L., Hernandez, N., Zhong, L., Holcomb, D. D., Yan, H., Virata, M. L., . . . Struble, E. J. P. o. t. N. A. o. S. (2021). A conserved epitope III on hepatitis C virus E2 protein has alternate conformations facilitating cell binding or virus neutralization. 118(28).
El Abd, Y. S., Tabll, A. A., El Din, N. G. B., Hosny, A. E.-D. S., Moustafa, R. I., El-Shenawy, R., . . . El-Awady, M. K. (2011). Neutralizing activities of caprine antibodies towards conserved regions of the HCV envelope glycoprotein E2. Virology Journal, 8(1), 1-12.
Gasteiger, E., Hoogland, C., Gattiker, A., Wilkins, M. R., Appel, R. D., & Bairoch, A. (2005). Protein identification and analysis tools on the ExPASy server. The proteomics protocols handbook, 571-607.
Gong, Y., & Cun, W. J. I. j. o. m. s. (2019). The role of apoe in HCV infection and comorbidity. 20(8), 2037.
Kaur, K., Gandhi, M. A., & Slish, J. (2015). Drug-drug interactions among hepatitis C virus (HCV) and human immunodeficiency virus (HIV) medications. Infectious diseases therapy, 4(2), 159-172.
Leow, C. Y., Kazi, A., Ismail, C. M. K. H., Chuah, C., Lim, B. H., Leow, C. H., & Singh, K. K. B. (2020). Reverse vaccinology approach for the identification and characterization of outer membrane proteins of Shigella flexneri as potential cellular-and antibody-dependent vaccine candidates. Clinical experimental vaccine research, 9(1), 15-25.
Li, H.-C., & Lo, S.-Y. (2015). Hepatitis C virus: Virology, diagnosis and treatment. World journal of hepatology, 7(10), 1377. https://doi.org/10.4254/wjh.v7.i10.1377
Li, W., Joshi, M. D., Singhania, S., Ramsey, K. H., & Murthy, A. K. (2014). Peptide vaccine: progress and challenges. Vaccines, 2(3), 515-536.
Lund, O., Nielsen, M., Kesmir, C., Petersen, A. G., Lundegaard, C., Worning, P., . . . Justesen, S. (2004). Definition of supertypes for HLA molecules using clustering of specificity matrices. Immunogenetics, 55(12), 797-810.
Magnan, C. N., Zeller, M., Kayala, M. A., Vigil, A., Randall, A., Felgner, P. L., & Baldi, P. J. B. (2010). High-throughput prediction of protein antigenicity using protein microarray data. 26(23), 2936-2943.
Martinez, M. A., & Franco, S. J. V. (2021). Therapy Implications of Hepatitis C Virus Genetic Diversity. Viruses, 13(1), 41.
Meuleman, T. J., Cowton, V. M., Patel, A. H., & Liskamp, R. M. (2021). Design and synthesis of HCV-E2 glycoprotein epitope mimics in molecular construction of potential synthetic vaccines. Viruses, 13(2), 326.
Nascimento, I., & Leite, L. (2012). Recombinant vaccines and the development of new vaccine strategies. Brazilian journal of medical biological research, 45, 1102-1111.
Ong, E., Wong, M. U., Huffman, A., & He, Y. J. F. i. i. (2020). COVID-19 coronavirus vaccine design using reverse vaccinology and machine learning. 11, 1581.
Panahi, H. A., Bolhassani, A., Javadi, G., & Noormohammadi, Z. (2018). A comprehensive in silico analysis for identification of therapeutic epitopes in HPV16, 18, 31 and 45 oncoproteins. PloS one, 13(10), e0205933.
Pham, L. V., Ramirez, S., Carlsen, T. H., Li, Y. P., Gottwein, J. M., Bukh, J. (2017). Efficient hepatitis C virus genotype 1b core-NS5A recombinants permit efficacy testing of protease and NS5A inhibitors. Antimicrobial agents chemotherapy, 61(6).
Saha, S., & Raghava, G. (2007). Prediction of allergenic proteins and mapping of IgE epitopes in allergens.
Sawada, L., Pinheiro, A. C. C., Locks, D., Pimenta, A. d. S. C., Rezende, P. R., Crespo, D. M., . . . Oliveira Filho, A. B. d. (2011). Distribution of hepatitis C virus genotypes among different exposure categories in the State of Pará, Brazilian Amazon. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical, 44, 8-12.
Schuch-Goi, S. B., Scherer, J. N., Kessler, F. H. P., Sordi, A. O., Pechansky, F., & von Diemen, L. (2017). Hepatitis C: clinical and biological features related to different forms of cocaine use. Trends in psychiatry psychotherapy, 39, 285-292.
Sirskyj, D., Diaz‐Mitoma, F., Golshani, A., Kumar, A., & Azizi, A. (2011). Innovative bioinformatic approaches for developing peptide‐based vaccines against hypervariable viruses. Immunology cell biology, 89(1), 81-89.
Stamataki, Z. J. E. r. o. a.-i. t. (2010). Hepatitis C infection of B lymphocytes: more tools to address pending questions. 8(9), 977-980.
Trolle, T., & Nielsen, M. (2014). NetTepi: an integrated method for the prediction of T cell epitopes. Immunogenetics, 66(7), 449-456.
Yasmin, T., & Nabi, A. N. (2016). B and T cell epitope‐based peptides predicted from evolutionarily conserved and whole protein sequences of Ebola virus as vaccine targets. Scandinavian journal of immunology, 83(5), 321-337.
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